Fonction Publique de l'Etat
A (cadre)
IGR
02 - Catégorie A - Ingénieur de recherche (IGR) - A - Sciences du vivant de la terre et de l'environnement - Ingénieur-e biologiste en analyse de données
Emploi ouvert uniquement aux contractuels
Vacant
Responsable du pôle de bio-informatique F/H
L'Unité Mixte de Service Biofonderie de l'Alliance Sorbonne Université a pour mission de mettre en place une offre de services technologiques, de partenariats et de formation de haut niveau en bio-ingénierie à destination des formations universitaires, des laboratoires académiques et des entreprises du secteur, avec l'ambition affichée de structurer la filière de l'ingénierie du vivant depuis son niveau fondamental jusqu'à ses applications technologiques. La BFASU est la première biofonderie académique en France, une plateforme robotisée de biologie de synthèse. Cette infrastructure d'excellence donne accès aux technologies de pointe nécessaires pour accélérer la recherche fondamentale, la recherche appliquée et translationnelle, le développement industriel et l'innovation. Ses activités sont centrées sur le clonage, le séquençage et le criblage phénotypique à haut débit mais également sur l'ingénierie métabolique et le développement de souches de bioproduction (circuits génétiques, enzymes, voie métaboliques artificielles,…) Cette unité multi-tutelles développe des activités partenariales académiques et industrielles sous la forme de prestations de service ou de projets collaboratifs.
Plus d'informations https://parisbiofoundry.org/
Localisation : Campus Pierre et Marie Curie, Bâtiment B – 2ème étage, 4 place Jussieu 75005 Paris
Fonctions : Responsable du pôle de bio-informatique
Catégorie : A
Corps : IGR
BAP : A
CDD de 1 an, renouvelable.
A pourvoir dès que possible.
Mission :
Le/La responsable du pôle de bio-informatique de l’unité assure le développement et l’automatisation des workflows d’analyse de données omiques, la structuration des bases de données et des systèmes d’information, ainsi que l’implémentation et le développement des programmes informatiques associés aux plateformes automatisées de l’unité.
Activités principales :
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Concevoir des workflows automatisés pour l’analyse de données ou le pilotage d’instruments
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Concevoir et élaborer la structure de bases de données et de systèmes d'information permettant de collecter, structurer, stocker et mettre en relation les données
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Guider le déploiement de l’infrastructure informatique des plateformes de la BFASU
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Définir le plan d'étude et de recueil des données le mieux adapté au problème posé
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Analyser des données de génomique (séquençage), protéomique et métabolomique (MS)
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Diffuser et valoriser les résultats sous forme de rapports techniques, de publications ou de présentations orales auprès des communautés professionnelles et scientifiques
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Gérer l'ensemble des moyens techniques alloués aux dispositifs de collecte et de traitement de données
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Former, en interne et en externe, aux principes et à la mise en œuvre des techniques de l'analyse des données biologiques
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Orienter et conseiller les utilisateurs pour la mise en œuvre des méthodes d'études et d'interprétation des résultats
Conduite de projets : Oui
Encadrement : Non
Connaissances transversales requises :
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Connaissance théorique des différents types de protocoles expérimentaux biologiques
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Connaissance approfondie des méthodes de recueil, d'analyse et de traitement des données
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Connaissance solide en informatique : maîtrise des systèmes UNIX/LINUX, clusters de calculs, maîtrise d’un ou plusieurs langages de programmation, dont obligatoirement Python (Bash, C++, R, JavaScript, HTML, PHP, Java, PERL), maîtrise de la gestion des bases de données SQL et interfaces web (Apache, Django). Maîtrise de logiciels de gestion de version (Git, GitLab
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Maîtrise des problématiques liées aux Big Data
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Connaissance générale des approche d’IA/ML appliquées à l’ingénierie du vivant
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Langue anglaise : B2 à C1 (cadre européen commun de référence pour les langues)
Savoir-faire :
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Maîtrise des techniques principales d’analyse statistique de données scientifiques (paramétrique/non-paramétrique/bayésien)
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Savoir développer des outils de traitements automatisés de données biologiques pour les appliquer à des technologies de recherche en biologie
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Rédiger des documents scientifiques et assurer une gestion des projets scientifiques
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Développer une expertise scientifique et technologique
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Encadrer des étudiant-es
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Gérer la confidentialité des projets (NDA, propriété intellectuelle, secret des affaires)
Savoir-être :
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Aptitude à s’inscrire dans des projets collectifs et goût du travail en équipe
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Capacité d’innovation et de créativité, d’initiative et autonomie dans le travail
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Rigueur, organisation, méthode
Diplôme réglementaire souhaité :
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Doctorat
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Domaine de formation souhaité : bioinformatique
12 mois renouvelable
Temps plein
Europe, France, Ile-de-France, Paris (75)
Biofonderie - Barre Cassan
Campus Pierre et Marie Curie - 4 place Jussieu 75005 Paris
