This PhD project aims to characterize the evolutionary dynamics of sarbecoviruses and their virus-host
interfaces, building on a longitudinal study spanning over a decade in colonies of Rhinolophus
ferrumequinum bats, as well as experimental, omics, and analytical approaches developed for this study.
By combining genomic and phylogenetic analyses, functional studies targeting innate and adaptive
immune responses, and controlled experiments on virus-cell interactions, the PhD candidate will explore
the mechanisms enabling certain sarbecoviruses to cross species barriers and evolve toward zoonotic-
risk phenotypes. The project is designed in direct continuity with work conducted under the EU MuseCoV
and ANR EmerCoV projects, and closely integrated with a postdoctoral contract dedicated to screening
and functional characterization of bat sarbecoviruses. Ultimately, this integrative approach should
identify evolutionary signatures, to investigate their periodicity and virus-host determinants predictive
of interspecies coronavirus transmission risk.
Ce projet de thèse vise à caractériser la dynamique évolutive des Sarbecovirus et les liens avec leurs
interfaces virus–hôte, en s’appuyant sur une étude longitudinale de plus d’une décennie menée dans
des colonies de chauves-souris Rhinolophus ferrumequinum ainsi que sur des approches expérimentales,
omiques et analytiques développées pour cette étude. En combinant analyses génomiques et
phylogénétiques, études fonctionnelles ciblant les réponses immunitaires innées et adaptatives, et
expériences des interactions virus / cellule en conditions contrôlées, le doctorant explorera les
mécanismes permettant à certains Sarbecovirus de franchir les barrières d’espèce et d’évoluer vers des
phénotypes à risque zoonotique. Le projet est conçu en continuité directe avec les travaux menés dans
le cadre des projets EU MuseCoV et ANR EmerCoV et en articulation étroite avec un contrat post-
doctoral consacré au crible et à la caractérisation fonctionnelle de Sarbecovirus de chauves-souris. À
terme, cette approche intégrative doit permettre d’identifier des signatures évolutives, de tester leur
périodicité et de préciser les déterminants virus / hôtes prédictifs du risque de transmission inter-
espèces des coronavirus.
