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L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.
Votre mission, les objectifs qui vous serons fixés et les activités qui en découlent s’inscrivent principalement dans le cadre du projet Grand Défi Ferments du Futur, initié fin 2022 pour une durée prévisionnelle de 10 ans, un
programme de recherche-innovation ambitieux de la stratégie nationale d’accélération « alimentation durable et favorable à la santé » de France 2030 (https://www.inrae.fr/actualites/innover-lalimentation-demain-lancementoperationnel-
du-grand-defi-ferments-du-futur). Co-piloté par INRAE et doté de financements publics à hauteur de 48,3 millions d’euros, ce consortium public-privé de 41 partenaires réunit des établissements d’enseignement
supérieur et de recherche et des partenaires industriels dans le domaine des ferments et des aliments fermentés. Sous le pilotage fonctionnel du responsable du projet Ferments du Futur, vous serez rattaché-e administrativement à l’unité de recherche Micalis, Microbiologie de l’Alimentation au service de la Santé, unité mixte de recherche INRAE, AgroParisTech et Université Paris-Saclay, située au centre INRAE Île-de-France, à Jouyen- Josas - Antony, où vous exercerez vos missions. Vous exercerez vos missions au sein de la plateforme distribuée Micalis-PIAM, et plus spécifiquement sur le plateau PIAM dédié à l’étude des interactions spatiales dans les aliments fermentés solides. Ce plateau vise à développer des approches expérimentales et quantitatives permettant de décrire, mesurer et modéliser les interactions entre microorganismes, ainsi que celles entre microorganismes et matrices alimentaires hétérogènes. Les applications visées concernent notamment la compréhension et l’optimisation des processus de fermentation, ainsi que le développement de stratégies de biopréservation.
Sous la responsabilité scientifique de Romain Briandet, vous serez principalement en charge de deux équipements structurants du plateau PIAM : un bio-imprimeur 3D destiné à l’impression contrôlée de communautés microbiennes dans des matrices modèles ou alimentaires, et un microscope confocal déjà installé à Micalis permettant l’observation tridimensionnelle et dynamique de ces communautés. Vous travaillerez en articulation étroite avec l’ingénieur-e d’études responsable des microfermenteurs, afin de construire une chaîne expérimentale intégrée combinant bio-impression 3D, imagerie confocale, microfermentation et analyse quantitative.
Votre mission consistera à concevoir, développer, qualifier et mettre à disposition une offre technologique innovante pour l’étude spatialisée des communautés microbiennes dans les aliments fermentés solides. Vous
contribuerez à la mise en place de protocoles de bio-impression compatibles avec la viabilité microbienne, les propriétés physico-chimiques des matrices et les contraintes d’imagerie. Vous développerez également des méthodes d’imagerie confocale et d’analyse d’images permettant de suivre l’organisation spatiale, la croissance et les interactions dynamiques des communautés microbiennes imprimées.
Vos principales activités seront :
- Participer au choix final, à l’installation, à la qualification et à la mise en service du bio-imprimeur 3D.
- Développer des protocoles de bio-impression de communautés microbiennes vivantes dans des matrices
modèles et alimentaires.
- Adapter les paramètres d’impression aux contraintes biologiques des microorganismes, aux propriétés
rhéologiques des matrices et aux objectifs scientifiques des projets.
- Concevoir des approches de spatialisation contrôlée de microorganismes permettant d’étudier les
interactions entre souches, espèces ou consortia microbiens.
- Assurer l’exploitation, la maintenance de premier niveau, le suivi qualité et l’évolution méthodologique
du microscope confocal.
- Développer des protocoles d’imagerie confocale 3D et 4D pour suivre l’organisation et la dynamique des
communautés microbiennes dans des matrices hétérogènes.
- Mettre en place des méthodes d’analyse d’images permettant de quantifier la distribution spatiale, la
croissance, la colonisation, l’exclusion, la coexistence ou les interactions entre populations microbiennes.
- Contribuer, en interaction avec l’ingénieur-e d’études responsable des microfermenteurs, à l’intégration
des données issues de la bio-impression, de l’imagerie et de la microfermentation.
- Accompagner les utilisateurs académiques et les partenaires du Grand Défi Ferments du Futur dans la
définition de leurs besoins expérimentaux, la conception des protocoles, la réalisation des expériences
et l’interprétation des résultats.
- Assurer une veille scientifique et technologique dans les domaines de la bio-impression, de l’imagerie
confocale, de l’analyse d’images, des communautés microbiennes et des aliments fermentés.
- Rédiger les modes opératoires, procédures qualité, documents de traçabilité et supports de formation
associés aux équipements et aux protocoles développés.
- Former les utilisateurs aux bonnes pratiques d’utilisation des équipements, aux contraintes de
biosécurité et aux méthodes d’analyse associées.
- Contribuer à la valorisation scientifique et technologique des développements réalisés sous forme de
rapports, publications, présentations, formations, savoir-faire ou projets collaboratifs.
- Participer à l’animation scientifique et technologique du plateau PIAM, de la plateforme distribuée
Micalis-PIAM et du réseau Ferments du Futur.
Vous interagirez également avec les autres personnels Ferments du Futur au sein des unités de la plateforme distribuée et du centre d’innovation Ferments du futur, sous la coordination du directeur des opérations et
technologies Ferments du Futur. Ponctuellement, la mission pourra également s’exercer au sein d’autres unités participant au Grand Défi Ferments du Futur, en fonction des besoins scientifiques, technologiques et partenariaux du programme.
Vous consacrerez environ 20% de votre temps à des activités de l’équipe micalis B3D, en lien avec vos compétences et affinités, afin de garantir une bonne articulation entre vos activités Ferments du Futur et votre équipe d’accueil.
L’unité Micalis est une zone à régime restrictif ; tout recrutement est soumis à l’autorisation préalable du ministère.
Doctorat/Ingénieur grandes écoles
Doctorat ou diplôme d’ingénieur en microbiologie, biotechnologies, bio-ingénierie, biophysique, sciences des aliments, imagerie biologique, bio-impression, ingénierie des matrices ou discipline apparentée.
- Connaissances souhaitées :
Microbiologie expérimentale, physiologie microbienne, biofilms et communautés microbiennes, microbiologie des aliments fermentés, interactions microorganismes-matrices, matrices biologiques, alimentaires ou polymériques, bio-impression 3D, impression 3D ou technologies apparentées, microscopie confocale et imagerie de fluorescence, analyse d’images 2D/3D/4D, notions de rhéologie des matrices, notions de modélisation ou d’analyse quantitative de données biologiques, hygiène et sécurité en laboratoire de microbiologie, démarche qualité en plateforme scientifique, anglais scientifique écrit et oral.
Développement méthodologique sur plateforme technologique, microbiologie expérimentale et manipulation de microorganismes vivants, microscopie confocale, imagerie 3D ou imagerie dynamique, analyse d’images avec des outils tels que ImageJ/Fiji, Imaris, AIVIA, Python, bio-impression, impression 3D, microfabrication, formulation de matrices, gels ou biomatériaux, étude des biofilms, des communautés microbiennes, des aliments fermentés ou des systèmes microbiens complexes, accompagnement d’utilisateurs, rédaction de protocoles, formation et fonctionnement en mode plateforme.
Forte capacité de développement technologique, goût pour l’innovation méthodologique, rigueur expérimentale et sens de la traçabilité, autonomie dans la conduite de projets techniques complexes, capacité à travailler à l’interface entre biologie, instrumentation, imagerie et analyse quantitative, sens du service et de l’accompagnement des utilisateurs, capacité à travailler en équipe et à interagir avec des chercheurs, ingénieurs, techniciens, étudiants et partenaires industriels, capacité d’organisation, de priorisation et de suivi de plusieurs projets en parallèle, aptitude à formaliser des protocoles, procédures et documents qualité, très bonnes capacités de communication écrite et orale, en français et en anglais.
En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :
- jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.
