L’analyse immunopeptidomique est aujourd’hui un des champs d’application de l’analyse protéomique le plus prometteur. La révolution instrumentale en spectrométrie de masse a permis d’atteindre les niveaux de sensibilité nécessaire pour pouvoir identifier en profondeur la collection des immunopeptides présentés par les molécules HLA, purifiés à partir de quelques millions de cellules. Néanmoins, l’immunopeptidomique présente encore des défis analytiques majeurs à relever concernant l’ensemble des étapes du workflow : des étapes biochimiques de purification sensible et sans contaminations des immunopeptides, à l’adaptation des méthodes de séparation chromatographique et de séquençage par spectrométrie de masse en tandem de ces peptides particuliers (non trypsiques entre autres) jusqu’à l’implémentation de stratégies de traitement des données adaptées.
Le candidat (H/F) sera impliqué dans l’optimisation de l’ensemble de ces étapes et appliquera les méthodes optimisées pour la caractérisation des immunopeptidomes et la recherche de néoépitopes dans un contexte de lymphopathies.
La thèse sera rattachée à l'Ecole Doctorale des Sciences Chimiques de l'Université de Strasbourg (ED222).
L’Institut Pluridisciplinaire Hubert CURIEN (IPHC), unité mixte de recherche sous cotutelle du CNRS et de l’Université de Strasbourg (UMR7178), est un laboratoire pluridisciplinaire où des équipes de recherche de cultures scientifiques différentes (écologie, physiologie et éthologie, chimie et physique subatomique) développent des programmes de très haut niveau avec pour socle l’instrumentation scientifique. L'IPHC est structuré en 3 départements et comptabilise un effectif total de 393 agents (H/F) dont 257 agents permanents (soit
119 chercheurs et enseignants-chercheurs et 138 ingénieurs et techniciens H/F), 46 agents en CDD et 102 doctorants H/F.
Le doctorant (H/F) rejoindra l'équipe LSMBO (Laboratoire de Spectrométrie de Masse BioOrganique) de l'IPHC composée de 12 chercheurs et enseignants-chercheurs et 9 ingénieurs et techniciens permanents (H/F).
Le doctorant (H/F) bénéficiera de toutes les conditions matérielles (instrumentation LC-MS / MS), humaines (partage d'expertise) et informatiques (accès à tous les outils logiciels de traitement des données LC-MS / MS) nécessaires à la bonne réalisation de ce projet de thèse.
Le projet de thèse sera mené en interaction étroite avec les cliniciens onco-hématologues des Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (Dr. Delphine Rolland et Prof. Luc Fornecker) ainsi que des collaborateurs académiques et industriels déjà identifiés pour des problématiques nécessitant des approches immunopeptidomiques.
Le candidat (H/F) doit être titulaire d'un master et/ou d'un diplôme d'ingénieur. Il ou elle devra justifier de solides connaissances en biochimie des protéines, en spectrométrie de masse et en chromatographie. Un intérêt marqué pour la bioinformatique et le traitement des données sera un avantage.
Le candidat (H/F) devra avoir une bonne maîtrise de l'anglais écrit et parlé de niveau B2 selon le cadre européen commun de référence pour les langues afin de pouvoir faire des rapports réguliers et présenter ses résultats aux collaborateurs et lors de congrès.
Les candidatures devront inclure un CV détaillé, une lettre de motivation, un résumé du mémoire de master ainsi que les notes de Master 1 et 2.
- Travail occasionnel en horaire décalé.
- Travail dans un environnement certifié ISO 9001
La rémunération est d'un minimum de 2300,00 € mensuel
44 jours
Pratique et indemnisation du TT
Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€
Référence de l’offre
UMR7178-REGSOM-257
Section(s) CN / Domaine de recherche
Chimie et vivant
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