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L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.
Vous serez accueilli(e) au sein de l’équipe SESAME de l’unité de recherche GenPhySE dont l’objectif est de proposer des méthodes de sélection pour la multiperformance des systèmes d’élevage. L’équipe est constituée de 17 membres INRAE et Idele, qui s’intéressent notamment aux modèles d’intégration multicaractère dans les programmes de sélection, de l’animal au système. Vous travaillerez également en collaboration avec les chercheurs de l’équipe MAGE qui explorent le déterminisme génétique de nouveaux caractères pour accompagner la transition des systèmes d’élevage.
Les systèmes d’élevage sont de plus en plus soumis à des injonctions contradictoires : produire plus pour apporter à la population mondiale des sources de protéines de haute qualité, produire mieux pour prendre en compte les attentes sociétales sur le bien-être des animaux et sur l’impact environnemental de l’élevage, produire autrement pour répondre aux enjeux du changement climatique. En France, et plus généralement en Europe, les modèles alternatifs à l’élevage porcin conventionnel ont du mal à émerger et plafonnent à quelques pourcents des volumes produits. L’exemple de la production porcine sous cahier des charges AB est illustratif des difficultés à changer de modèle. Après une croissance limitée mais régulière de la production pendant une quinzaine d’années, celle-ci s’est littéralement effondrée en période de forte inflation et de limitation des aides à l’installation et au maintien de l’agriculture biologique.
Dans la longue liste des défis à relever pour promouvoir la transition vers des systèmes de production alternatifs, la sélection d’animaux adaptés est mentionnée comme primordiale, mais les références manquent pour proposer des solutions. Depuis de nombreuses années, des recherches ont été conduites sur les réponses adaptatives des individus à divers challenges, mais l’information utilisable à des fins de sélection reste parcimonieuse. Améliorer la résilience des populations porcines pour l’élevage en système de production alternatif nécessite donc d’acquérir de nouvelles connaissances. La résilience s’entend ici comme « la capacité d’un individu à faire face à une (ou plusieurs) perturbation(s) temporaire(s) de son environnement ». Cette définition suppose de pouvoir établir un niveau de base de l’individu sans contrainte ou perturbation, puis d’évaluer les modifications de ce niveau de base en situation de stress. Cette approche est rendue possible par la généralisation de mesures longitudinales ou continues, telles que la consommation d’aliment concentré ou le poids des individus, et plus récemment la consommation d’eau.
L’objectif du projet est d’apporter des connaissances sur la résilience des porcs en croissance en élevage AB. Les caractères de résilience seront élaborés à partir de données longitudinales collectées pendant la phase d’engraissement grâce aux distributeurs automatiques de concentré (DAC), aux abreuvoirs connectés et aux plateaux de pesée. Ces données permettent de tracer des trajectoires qui peuvent ou non être perturbées en fonctions de facteurs environnementaux et sociaux.
Pour atteindre cet objectif, vous serez en charge d’élaborer de nouveaux critères pour décrire et améliorer la résilience des porcs en système alternatif, au niveau individuel et au niveau du groupe. Pour ce faire, vous utiliserez les données enregistrées depuis trois ans dans un élevage expérimental porcin sous cahier des charges AB.
Vous devrez proposer des méthodes de traitement et d’agrégation des données longitudinales, et raffiner les méthodes existantes de détection des perturbations de trajectoires multiples. La détection des perturbations devra intégrer des données environnementales, y compris climatiques.
Formation recommandée : mathématiques appliquées ou statistiques avec un intérêt pour les applications en biologie, génétique animale ou végétale avec une expérience solide en analyse de données phénotypiques
Connaissances souhaitées : statistique exploratoire ; modèle mixte ; expérience dans l’analyse de données longitudinales ; très bon niveau attendu en programmation R
Aptitudes recherchées : rigueur, organisation, aptitude au travail en autonomie
En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :
- jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.
