L’Inserm est le seul organisme public français entièrement dédié à la recherche biologique, médicale et en santé des populations. Il dispose de laboratoires de recherche sur l’ensemble du territoire, regroupés en 12 Délégations Régionales. Notre institut réunit 15 000 chercheurs, ingénieurs, techniciens et personnels administratifs, avec un objectif commun : améliorer la santé de tous par le progrès des connaissances sur le vivant et sur les maladies, l’innovation dans les traitements et la recherche en santé publique.
Rejoindre l’Inserm, c’est intégrer un institut engagé pour la parité et l’égalité professionnelle, la diversité et l’accompagnement de ses agents en situation de handicap, dès le recrutement et tout au long de la carrière. Afin de préserver le bien-être au travail, l’Inserm mène une politique active en matière de conditions de travail, reposant notamment sur un juste équilibre entre vie personnelle et vie professionnelle.
L'Inserm a reçu en 2016 le label européen HR Excellence in Research et s'est engagé à faire évoluer ses pratiques de recrutement et d'évaluation des chercheurs.
FR: Équipe/Responsable d'équipe
L'équipe « Microbiome-Host Dynamics » fait partie de l'Institut Cochin, situé au centre de Paris, 22 rue Méchain – 75014 Paris, France.
Responsable d'équipe : Lejla Imamovic
https://institutcochin.fr/en/microbiome-host-dynamics
Post-doc : Projet de recherche
Post-doc en interactions microbiome-système immunitaire
Activités principales
- Conception et mise en œuvre de méthodes et de workflows computationnels pour l'analyse de données métagénomiques.
- Analyse de données métagénomiques virales à l'aide d'outils de viromique computationnelle pour l'analyse de l'écologie virale.
- Rédaction de publications scientifiques
- Présentation des résultats du projet lors de conférences nationales et internationales
- Co-encadrement des étudiants au sein du laboratoire
Description du poste et environnement de travail
Recherche sur le microbiome, incluant une connaissance approfondie du séquençage métagénomique, du virome, du répertoire immunitaire et de l'intégration des données
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EN: Team /Team leader
Team « Microbiome-Host Dynamics » is part of the Institut Cochin located in the center of Paris, 22 rue Méchain – 75014 Paris, France.
Team leader: Lejla Imamovic
https://institutcochin.fr/en/microbiome-host-dynamics
About the structure
The Institut Cochin is a research center affiliated to INSERM, CNRS, Université Paris Cité. The Institut Cochin is composed of 35 teams and 10 core facilities.
www.institutcochin.fr
Post-doc : Research project
Postdoc in Microbiome-Immune Interactions
Activities main
- Designing and implementing computational methods and workflows for analyzing metagenomic data.
- Analyzing viral metagenomic data using computational viromics tools for viral ecology analysis.
- Preparation of scientific publications
- Presentation of project results in national and international conferences
- Co-supervise students in the lab
Job specification(s) and environment
Microbiome research, including in-depth knowledge of metagenomic sequencing, virome, immune repertoire and data integration
FR:
Compétences
- Bio-informatique
- Microbiologie
- Écologie
- Immunologie
- Maîtrise de l'anglais à l'oral et à l'écrit
Savoir-faire
- Participation à des projets de recherche pluridisciplinaires
- Analyse générale de données métagénomiques et viromique computationnelle
- Analyse statistique,
- Analyse de réseaux et apprentissage automatique,
- Langages de script tels que Bash, Python ou Rust,
- Visualisation de données à l'aide de R ou Python
- Gestion d'environnements virtuels à l'aide de conda ou de conteneurs (Docker/Singularity),
- Planification HPC à l'aide de SLURM et, éventuellement, de langages de workflow tels que Nextflow et Snakemake
Compétences
- Rigueur scientifique
- Forte motivation pour la recherche, souci du détail, esprit critique autonome et compétences rédactionnelles
- Capacité à mener un projet de recherche avec un encadrement suffisant, tout en conservant l'autonomie nécessaire pour concevoir et réaliser les expériences
Expériences requises
- Doctorat en bio-informatique avec un intérêt marqué pour la dynamique des microbiomes et les interactions hôte-microbe
Niveau de diplôme et formation
Doctorat en bio-informatique
Début :
01/11/2026
Durée :
14 mois, renouvelable
Temps de travail :
Temps plein,
Nombre d'heures par semaine : 38h30, 32 jours de congés annuels et 12 jours de RTT
Télétravail : * 1 à 2 jours par semaine, sur avis du supérieur hiérarchique et après les 6 premiers mois
Rémunération :
à partir de 2 985,82 € bruts par mois, en fonction de l'expérience professionnelle à des postes équivalents
Pour postuler :
Les candidats doivent envoyer leur CV, une lettre de motivation et les coordonnées de 2 références :
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EN:
Expertise
- Bioinformatics
- Microbiology
- Ecology
- Immunology
- Fluent spoken and written English
Know-how
- Participate in multi-disciplinary research projects
- General metagenomic data analysis and computational viromics
- Statistical analysis,
- Network analysis and Machine Learning,
- Scripting languages such as Bash,Python or Rust,
- Data visualization using R or Python
- Virtual environment management using conda or containers(Docker/Singularity),
- HPC scheduling using SLURM and optionally workflow languages such as Nextflow and Snakemake
Ability
- Scientific rigor
- High level of motivation for research, attention to detail, independent critical thinking, and writing skills
- Conduct research project with sufficient guidance, yet enough independence to design and execute the experiments
Experience(s) required
- PhD degree in bioinformatics with a strong interest in microbime dynamics and host-microbe interactions
Diploma level and training
PhD degree in Bioinformatics
Biginning:
01/11/2026
Duration:
14 month, renewable
Working time:
Full time,
Number of hours per week: 38h30, Annual leave 32 and Rtt 12
Teleworking activities: * 1 / 2 Days
Remuneration:
from 2 985,82 € € gross per month depending on professional experience in equivalent positions
To apply :
Applicants should send their CV, letter of motivation and name of 2 references:
- Prestations sociales, culturelles, sportives.
- Remboursement transport à hauteur de 75%
