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INRAE, Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement, est un organisme public de recherche qui réunit 12 000 collaborateurs au sein de 272 unités réparties sur 18 centres en France. Premier organisme mondial spécialisé sur l’ensemble agriculture – alimentation – environnement, INRAE joue un rôle clé pour accompagner les transitions nécessaires face aux grands défis planétaires.
Face à l’augmentation de la population, aux enjeux de sécurité alimentaire, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE s’engage à développer des solutions scientifiques et à accompagner l’évolution des pratiques agricoles, alimentaires et environnementales
Vous rejoindrez une équipe spécialisée dans l'analyse de données génomiques issues des animaux d'élevage. Composée d'ingénieur-e-s en bioinformatique, cette équipe accompagne les scientifiques dans l'exploitation de données omiques à grande échelle et contribue au développement de méthodes innovantes pour répondre aux enjeux de la recherche en génétique animale. Vous évoluerez dans un environnement favorisant les échanges entre spécialistes de la bioinformatique, de la génétique et des sciences du vivant au sein de l'unité mixte de recherche INRAE/AgroParisTech Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI).
Votre activité s'inscrira dans un contexte marqué par le développement rapide des technologies de séquençage et l'augmentation des volumes de données à traiter. Vous contribuerez à l'analyse de données issues de différentes espèces animales d'élevage, avec un intérêt particulier pour les technologies de séquençage long read et leurs applications en génomique.
Ce poste constitue un levier important pour renforcer les capacités d'analyse génomique avancée, accompagner des projets de recherche d'envergure nationale et internationale et favoriser les collaborations entre bioinformatique, génétique moléculaire et génétique quantitative. Vos travaux contribueront directement à la production de connaissances et à leur valorisation scientifique.
Dans ce cadre, vous serez en charge des activités suivantes :
Analyse bioinformatique et développement d'outils
- Concevoir, développer, évaluer et optimiser des pipelines d'analyse pour les données issues des technologies de séquençage long read
- Mettre en œuvre et adapter des workflows standardisés pour des projets de recherche à grande échelle
- Traiter des données génomiques massives : assemblage, annotation, détection de variants ponctuels et structuraux, construction de pangénomes
- Développer et optimiser des pipelines dédiés au traitement de séquences génomiques bovines
- Participer à l'interprétation des résultats et à leur valorisation scientifique
Appui aux projets et gestion des données
- Conseiller les équipes scientifiques dès la conception des projets sur les plans expérimentaux, les choix méthodologiques et les ressources de calcul
- Accompagner la mise en œuvre des analyses bioinformatiques adaptées aux besoins des projets
- Contribuer à l'organisation, à la structuration et à la pérennisation des données et métadonnées sur les infrastructures de calcul et les entrepôts de données
- Participer à des projets collaboratifs nationaux et internationaux
Formation et animation scientifique
- Former et accompagner les utilisateurs aux outils et aux bonnes pratiques en bioinformatique
- Assurer une veille sur les évolutions technologiques et méthodologiques du domaine
- Contribuer au partage et au transfert de compétences au sein de l'unité et du réseau métier en bioinformatique
Vous interagirez quotidiennement avec des chercheur-ses, ingénieur-es et doctorant-es et participerez activement à la dynamique collective des équipes et du réseau national de bioinformatique (CATI Bios4Biol).
Le poste ouvre droit à une prime informatique dont le niveau sera déterminé en fin de campagne, sous réserve que le/la candidat-e retenu-e réponde aux conditions d'attribution de ladite prime.
Des déplacements ponctuels sont à prévoir dans le cadre de collaborations nationales et internationales.
Vous avez une formation supérieure en bioinformatique, génomique, sciences des données appliquées aux sciences du vivant ou dans un domaine proche.
Une expérience en analyse de données omiques, en développement de pipelines bioinformatiques ou en collaboration avec des équipes de biologie ou de génétique sera appréciée. Une expérience de projets collaboratifs de recherche ainsi qu'une pratique des outils favorisant la reproductibilité des analyses constitueront un atout.
Savoir-faire :
- Maîtriser les méthodes d'analyse de données de séquençage short et long read (assemblage, annotation, détection de variants)
- Utiliser des environnements Linux/Unix et des infrastructures de calcul scientifique
- Programmer dans au moins un langage adapté à la bioinformatique (Python, R ou Shell)
- Mettre en œuvre des outils de gestion de versions, d'environnements logiciels et de workflows
- Développer, adapter et optimiser des pipelines d'analyse de données génomiques
- Analyser et interpréter des résultats issus de projets de génomique à grande échelle
Le poste nécessite la pratique de l'anglais à un niveau B2.
Savoir-être :
- Rigueur scientifique et sens de l'analyse
- Autonomie et capacité d'adaptation à l'évolution des technologies
- Goût pour le travail en équipe et les environnements interdisciplinaires
- Capacité à expliquer des concepts bioinformatiques à des publics aux compétences variées
- Sens du service et de l'accompagnement des utilisateurs
