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L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.
INRAE recrute un-e ingénieur-e pour le développement et l’implémentation de logiciels dédiés à la mise en interopérabilité et au partage de données/métadonnées en écologie.
Contexte général
Le travail proposé s’inscrit dans le cadre de deux programmes de recherche nationaux, le PEPR FairCarboN (https://www.pepr-faircarbon.fr/) et le PEPR FORESTT (https://www.pepr-forestt.fr/). Ces programmes mobilisent la communauté scientifique française travaillant d’une part sur la dynamique du carbone dans les écosystèmes et d’autre part sur la transition socio-écologique des systèmes forestiers. Un groupe de travail participant à deux projets spécifiques (ALAMOD _FairCarboN et Num-Data_FORESTT) développe des services numériques de gestion et partage des données. Ces services visent au porter à connaissance et à l'accès aux données annotées sur la base de standards et référentiels sémantiques partagés.
Le travail porte d’une part sur une chaîne de traitements prototypée par l’infrastructure de recherche AnaEE-France (http://ceur-ws.org/Vol-2969/paper11-s4biodiv.pdf) et d’autre part sur un environnement logiciel pour un porter à connaissance des ressources, développé dans le cadre de l’infrastructure de recherche IN-SYLVA France (https://hal.science/hal-04188784v1).
Description de la mission
Au sein d’une équipe ‘données et sémantique’ basée à Avignon (Centre INRAE), vous serez principal-e développeur-se et mainteneur de 2 suites logicielles distinctes :
i) Un ensemble applicatif permettant le requêtage et la publication dans divers entrepôts de données hétérogènes via une interface web
ii) Un portail d’exposition de métadonnées basées sur des standards élaborés au sein de l’équipe et recouvrant les standards internationaux.
Les deux applicatifs mobilisent des langages et des solutions technologiques proches et sont déployés sur des machines virtuelles sous Linux (Debian et Ubuntu). La solution de virtualisation applicative Docker est exploitée pour articuler les différents services. Un proxy frontal est utilisé pour rediriger les requêtes vers les endpoints correspondants. Le déploiement des applications est effectué sur plusieurs machines portant les différentes versions (prod, pré-prod, tests ...).
L'évolution des applications est décidée collectivement et fait l’objet d’échanges avec différents acteurs. Vous proposerez la stratégie la mieux adaptée en prenant en compte les impératifs et contraintes techniques. Vous effectuerez les développements nécessaires, mettrez en œuvre les tests unitaires et d’intégration, et déploierez la nouvelle version sur la machine de test, avant de solliciter les équipes pour évaluation. Les développements et évolutions logicielles sont suivis avec Git et sur l’instance institutionnelle de GitLab. Des revues de codes sont effectuées lors des demandes de fusion afin de valider les propositions et solutions retenues.
Vous interagirez avec les membres de l’équipe ainsi qu’avec les scientifiques et personnels techniques des sites expérimentaux d’où proviennent les données. L’activité donnera lieu à quelques visites chez ces producteurs de données.
Vous disposez d’un équipement informatique type portable, et bénéficiez du dispositif de télé-travail en respectant les règles en vigueur dans l’établissement.
- Bonnes compétences en ingénierie logicielle, de la conception à l’implémentation
- Compréhension des standards web et des protocoles d’API
- Conception et écriture de tests de non-régression
- Connaissance des technologies sémantiques (RDF, OWL, SPARQL) et du web sémantique
- Expérience en matière de modélisation basée sur des ontologies
- Bonne connaissance de l’environnement Linux et du langage Shell
- Langages et outils utilisés au quotidien :
- Java 21 (Spring Boot), Maven
- Javascript / Typescript / CSS
- SQL (PostgreSQL, MySQL), et utilisation via ORMs
- Docker, Docker Compose et Swarm
- Blazegraph, Jena et (web)protege
- Git, principes de revues de code
- Sensibilité aux sciences biologiques, à l’écologie
- Bonne capacité de communication
- Aptitude à travailler en équipe et à interagir avec des scientifiques et techniciens
- Anglais technique
En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :
- jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.
