Le cas échéant, nombre d’agents encadrés et Nombre :
répartition par catégorie : - Catégorie A :
Relations fonctionnelles internes à l’Université de Personnels d’EpiMaCT et d’OmegaHealth
Limoges
Relations fonctionnelles externes DSI
Positionnement dans le pôle / service / laboratoire /équipe
L’agent exercera sa mission au sein de l’unité de recherche EpiMaCT (Inserm U1094, IRD UMR270, INRAE USC1501),
unité de santé publique reconnue à l’international pour ses travaux en épidémiologie des maladies chroniques et
connaissant un essor récent en épidémiologie génétique.
L’unité EpiMaCT “Épidémiologie des maladies chroniques en zone tropicale” développe des approches intégrées
combinant données épidémiologiques et données biologiques, reposant sur la caractérisation de la variabilité
génétique des populations étudiées et des agents biologiques associés. Ces travaux sont menés en particulier dans
les populations des pays du Sud, encore largement sous-représentées dans les études génétiques internationales,
et concernent une diversité de pathologies à fort enjeu de santé publique.
Le poste s’inscrit donc dans un environnement scientifique couvrant plusieurs champs de la génétique et
génomique, incluant la génétique humaine, la génomique des pathogènes (notamment parasitaires), voire la
génétique animale. Les travaux s’appuient à la fois sur l’exploitation de données issues du séquençage (génome
complet, exome, panels ciblés), sur des approches transcriptomiques, mais également sur l’accompagnement de
projets de recherche intégrant des données omiques et épidémiologiques.
L’agent évoluera dans un environnement pluridisciplinaire dynamique, à l’interface entre recherche, clinique et
santé publique, en interaction étroite avec chercheurs, enseignants-chercheurs, cliniciens hospitaliers, personnel
d’appui à la recherche et étudiants. Il s’inscrira dans un réseau de collaborations locales (CHU de Limoges, institut
OmegaHealth), nationales et internationales structurantes.
Il bénéficiera d’un environnement scientifique et technique favorable, incluant l’accès aux infrastructures de calcul
(clusters CPU et GPU) et aux compétences en bioinformatique du site, au sein d’un collectif impliqué dans le
développement, l’analyse et la structuration de projets autour des données omiques.
Mission(s) principale(s)
L’agent devra prendre en charge les données haut débit de type génomique ou transcriptomique, ainsi que les
données génétiques classiques, générées au sein de l’unité, par des partenaires nationaux et internationaux ou
dans le cadre de projets collaboratifs. Il assurera le traitement des données depuis les données brutes jusqu’à leur
interprétation, en adaptant les stratégies d’analyse aux questions scientifiques posées.
Il accompagnera les équipes de recherche dans la conception des projets impliquant des données omiques, en
apportant une expertise méthodologique sur les choix expérimentaux (stratégie de séquençage, type de données,
design d’étude, taille d’échantillon, qualité des données) et sur les approches analytiques les plus pertinentes.
L’agent contribuera au développement, à l’adaptation et à la structuration de pipelines d’analyse bioinformatique,
ainsi qu’à l’intégration de données génomiques, transcriptomiques et épidémiologiques dans une logique de
valorisation scientifique.
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