La smart microscopie est un environnement émergent de pilotage dans le domaine de la microscopie. Elle permet de sortir des séquences linéaires d’acquisition en y introduisant de la conditionnalité liée à des apprentissage profonds. Ces nouveaux protocoles expérimentaux sont à créer et on ne voit pas aujourd’hui de limitations à leurs champs d’applications. Les protocoles sont donc à coder et à mutualiser pour faire grandir la pratique de la « smart microscopy ». L’ ingénieur recruté travaillera sur la mise en place d’une méthodologie commune permettant des développements de protocoles de smart microscopy en partant de la consultation des besoins émis par les équipes de recherche au sein de 4 instituts (IBDM, CIML, INMED, IMM). Un travail de compréhension de chaque problématique expérimentale sera à réaliser ( en concertation avec les ingénieurs de PICSL) et à traduire dans un nouveau schéma expérimental appelant des bibliothèques sous python dédiées au pilotage des microscopes.
Développer des scénarios de smart microscopy sous les différentes interfaces (OAD, JOB, inscoper...) en python
Ponter les architectures avec des modèles de deeplearning déjà entrainés ou à fine-tuner
Fédérer un collectif local d’usagers de la smart microscopy
Former les utilisateurs à la smart-microscopy
Assurer une veille technologique poussée dans le domaine de la smart microscopy et des solutions open sources
Connaissances
o Connaissance en programmation python indispensable
o Connaissance des architectures de réseaux de neurones ( AutoEncoders et modèles génératifs) ainsi que des frameworks (TensorFlow, Keras, Pytorch) .
o Connaissances générales en biologie
o Connaissances générales en imagerie et de l’instrumentation type microscopie.
Compétences opérationnelles
o Forte motivation pour réaliser développements et coder pour piloter un instrument.
o Savoir analyser les besoins, avec des éléments de langage “communs” et proposer des solutions.
o Être en mesure de présenter ses travaux (capacité de présentation orale et de rédaction).
o Capacité pédagogique requise
o Anglais Courant (oral et écrit)
L'IBDM situé sur le Campus de Luminy, comprend environ 220 personnes titulaires Chercheurs, Enseignants-Chercheurs, Ingénieurs et Techniciens et non permanents CDD, Post doc, Doctorants, stagiaires répartis sur 22 équipes de recherches et 11 plateaux techniques et services.
L'IBDM est une unité mixte de recherche sous une tutelle du CNRS et de l'AMU, qui explore le domaine de la Biologie du développement et des pathologies qui y sont associées.
La personne recrutée sera localisée sur la plateforme d’imagerie de l’IBDM, elle aura à se déplacer sur les différents sites du campus de Luminy se trouvant à proximité, ainsi qu’au campus de Joseph Aiguier et de la Timone.
La personne sera embauchée par AMU et financée sur crédits de l'Université Aix-Marseille (Fondation AMIDEX)
Aucun
De 2002.82€ à 2170.15€ bruts mensuels - La personne sera embauchée par AMU et financée sur crédits de l'Université Aix-Marseille (Fondation AMIDEX)
44 jours
Pratique et indemnisation du TT
Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€
Référence de l’offre
UMR7288-AUDBAR-083
Secteur d’activité
Sciences du vivant, de la terre et de l'environnement
Emploi type
Ingenieur en experimentation et instrumentation biologiques (H/F)
Expérience souhaitée
1 à 4 années
Le CNRS est un acteur majeur de la recherche fondamentale à une échelle mondiale. Le CNRS est le seul organisme français actif dans tous les domaines scientifiques. Sa position unique de multi-spécialiste lui permet d’associer les différentes disciplines pour affronter les défis les plus importants du monde contemporain, en lien avec les acteurs du changement.
Le CNRS
Les métiers de la recherche
