Le projet développé vise à appréhender comment les voies de signalisation de la lumière contrôlent une modulation des réponse développementales et de l'architecture nucléaire chez la plante Arabidopsis thaliana. Le projet implique une combinaison d'approches de biologie moléculaire et d’épigénomique afin de caractériser les régions génomiques concernées par ce type de contrôle, les différents acteurs moléculaires impliqués (en particulier les facteurs DET1, COP1, et TOR), et les conséquences de changements chromatiniens sur l'expression des gènes cibles et le régime transcriptionnel des cellules.
Activités principales :
La période d’apprentissage comprend quatre phases, qui pourront être partiellement chevauchantes. La première phase d’apprentissage vise à l’acquisition de compétences techniques permettant l’initiation du projet : préparation de milieu de culture stérile, stérilisation et culture in vitro d’Arabidopsis thaliana, méthodologie ChIP (extraction de chromatine, immunoprecipitation),
génération de banques d’ADN des ChIP pour séquençage haut débit à lecture courte (NGS). La seconde phase consistera à mettre ajuster les méthodologies ChIP et CUT&TAG pour profiler le paysage chromatinien des facteurs DET1, COP1 et TOR : test d’anticorps commerciaux ou « home-made », expériences pilotes de ChIPs sur échantillons obtenus en condition de culture standard pour définir empiriquement les paramètres les plus appropriés (fixation, dilution d’anticorps) et test par PCR quantitative. Une fois ces paramètres définis pour chaque facteur étudié, la troisième phase a pour objectif d’obtention les profilages chromatiniens des facteurs DET1, COP1 et TOR par ChIP-seq ou CUT&TAG dans les feuilles embryonnaires d’A. thaliana exposée à différentes conditions de lumière ou inhibiteurs métaboliques. Chaque profilage sera effectué en parallèle sur des lignées contrôle (mutants det1-1, cop1-4, tor-es ou plantes sauvage dans le cas de lignées taguées) afin de vérifier la spécificité des résultats obtenus. Toutes les lignées sont déjà disponibles dans l’équipe. Enfin, au cours de la seconde année d’apprentissage, l’étudiant(e) mènera en parallèle la mise au
point de l’approche MNase-seq pour identifier les effets de DET1, COP1 et TOR sur le remodelage et l’accessibilité de la chromatine, et les relier aux dynamiques de régulation des gènes.
Profil technique :
Étudiant/étudiante en biologie moléculaire, biologie cellulaire, biochimie, ou génomique
Connaissances transversales requises :
- Organisation et fonctionnement de la recherche et de l’enseignement supérieur en France
- Organisation et fonctionnement du CNRS
- Réglementation applicable à son domaine d’activité professionnelle (dont les règles de base en hygiène et sécurité pour l’expérimentation en biologie)
- Fort socle de connaissances générales de base en biologie moléculaire, biochimie et biologie cellulaire
Savoir-faire :
- avoir un savoir-faire en culture (de cellules ou de plantes) en conditions stériles
- maîtriser la technique de PCR, idéalement de PCR quantitative (qPCR)
- avoir une expérience en analyse de protéines, idéalement immunoprécipitation de protéines et/ou ChIP
- une expérience en biologie végétale serait un plus mais n'est pas requise
- être rigoureux et organisé afin de mener plusieurs activités en parallèle
Savoir-être :
- Bon relationnel et sens du travail en équipe
- Organisation et rigueur
- Sens du service public être capable de travailler collégialement et faire preuve de souplesse
et de bienveillance pour partager ses connaissances et, réciproquement, intégrer les conseils des autres membres de l'équipe
- Être capable d’assurer des échanges et rédactions en anglais
Le Centre National de la Recherche Scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation. Ses 10 instituts scientifiques couvrent tous les champs de la connaissance en biologie, physique, chimie, ingénierie, sciences humaines et sociales, mathématiques, écologie,
sciences de l’information et sciences de l’univers. Le CNRS emploie près de 32 000 personnes, dont plus de 11 000 chercheurs travaillant au sein de 1144 laboratoires répartis sur tout le territoire national. Les 17 délégations régionales (DR) du CNRS ont un rôle de gestion et d’accompagnement de proximité de ces unités de recherche, en particulier dans le domaine des Ressources Humaines.
Pour toute information complémentaire, il est possible de consulter le site Internet du CNRS : http://www.cnrs.fr
Au sein de l'Institut Biologie Paris Seine (IBPS), l’équipe d’accueil Plant Nuclear Dynamics & Signaling (PNDS) comprend 12 membres, au sein du du laboratoire Dev2A, codirigée par Clara Richet-Bourbousse (CRCN, CNRS) et Fredy Barneche (DR1, CNRS). Les travaux de l'équipe d'accueil portent sur les mécanismes par lesquels l'environnement peut influencer la dynamique chromatiniennes et transcriptionnelles en tant que mécanisme adaptatif des espèces photosynthétiques. Au sein de
l’équipe PNDS, l’apprenti(e) travaillera sous la supervision directe de Delphine Dardalhon Cuménal pour le design et l’interprétation des analyses dans le cadre de sa formation en alternance. Les horaires de travail et conditions de congés définies par sa formation de Master et le règlement intérieur de l’IBPS.
44 jours
Pratique et indemnisation du TT
Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€
Référence de l’offre
UMR8263-FREBAR-003
Secteur d’activité
Sciences du vivant, de la terre et de l'environnement
Langues
Français, Anglais
Le CNRS est un acteur majeur de la recherche fondamentale à une échelle mondiale. Le CNRS est le seul organisme français actif dans tous les domaines scientifiques. Sa position unique de multi-spécialiste lui permet d’associer les différentes disciplines pour affronter les défis les plus importants du monde contemporain, en lien avec les acteurs du changement.
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