Le projet vise à étudier la progression des lignages et les mécanismes guidant la diversification neuronale au cours du développement du système nerveux humain.
Le projet s’appuiera sur des modèles d’organoïdes développés par notre laboratoire ainsi que sur des tissus embryonnaires, associés à des approches omiques globales et surtout à l’échelle de la cellule unique. L’objectif est d’explorer comment les voies de signalisation contrôlent les réseaux génétiques sous-jacents aux décisions de destin cellulaire et à l’évolution de la diversité neuronale dans le rhombencéphale et la moelle épinière humains. La personne recrutée sera en charge de réaliser des expériences sur divers modèles organoides et des tissus post mortem humains, réaliser des analyses bioinformatiques, de superviser des étudiants, techniciens et ingénieurs de l'équipe, présenter ses travaux dans la cadre de séminaires et écrire des articles scientifiques.
- Réalisation d’expérience de génomique (Chip-seq et ATAC-seq) en particulier de RNA-seq sur cellules uniques. Le projet requerra de tester de nouvelles méthodes de single cell RNA-seq en particulier sur tissus fixés
- Transcriptomique spatiale
- Réaliser des cultures de cellules souches pluripotentes humaines et leur différenciation en organoides, analyse des différenciation par méthode omics, de PCR ou d’histologie
- analyse de tissus post-mortem embryonnaire par méthode omics, de PCR ou d’histologie
- Imagerie confocale et analyse d’image subséquente. Quantification des données.
- programmation/codage pour l’assemblage et analyse, incluant analyses statistiques, de jeux de ses propres données et de jeux de données existants à l’aide d’outils bioinformatiques.
- Integration des resultats computationelles et experimentaux
- Interprétation des résultats
- Veille documentaire de publications pertinentes pour le domaine
- Rédaction de rapports et de publications scientifiques (figures et écritures)
- Présentation des travaux au sein de l’équipe et lors de réunions scientifiques
- participation à la rédaction de demande de financement
- Fort intérêt pour la biologie du développement et le neurobiologie
- Une expertise préalable dans la réalisation et l'analyse de données de transcriptome de cellules uniques est absolument indispensables et doit absolument pouvoir être démontrée.
- Une expérience en culture et différenciation de cellules ES murines ou ES/iPSC humaines sera un avantage très important.
- Un excellent dossier scientifique avec publications sera privilégié.
- Capacité à travailler de manière autonome et collaborative, avec un très bon esprit d’équipe
- Bonnes compétences en communication, bonne maîtrise de l’anglais oral et écrit
- L’Institut Jacques Monod, situé au cœur de Paris, est un centre international de premier plan, doté d’une forte culture collaborative, offrant un environnement scientifique très interactif et un accès à des plateformes technologiques de pointe.
- L' équipe Ribes/Nedelec propose un environnement de recherche stimulant à l’interface du neurodéveloppement, de la biologie cellulaire et de la génomique. Nous utilisons un large éventail de techniques — organoïdes, tissus embryonnaires, approches omiques, imagerie en temps réel — pour explorer les principes de la spécification du destin cellulaire et de la morphogenèse tissulaire. Nous avons récemment intégré de nouveaux locaux entièrement rénovés, incluant des salles de culture dédiées aux organoïdes humains. L’anglais est la langue de travail pour les réunions de laboratoire, les séminaires et la communication quotidienne.
Travail en laboratoire L2. Astreintes le week-end et jours fériés possibles.
3230 € brut mensuel
44 jours
Pratique et indemnisation du TT
Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€
Référence de l’offre
UMR7592-STENED-009
Secteur d’activité
Sciences du vivant, de la terre et de l'environnement
Emploi type
Ingenieur biologiste en analyse de donnees (H/F)
Expérience souhaitée
1 à 4 années
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