Assurer l'analyse bioinformatique de données transcriptomiques issues de projets de recherche sur la détermination et la différenciation sexuelle.
- Développer, optimiser et maintenir des pipelines d'analyse pour les données de transcriptomique.
- Accompagner les chercheurs dans l'interprétation biologique des résultats.
- Contribuer à la valorisation scientifique des travaux de l'équipe.
- Réaliser l'analyse de données de transcriptomique en cellule unique (scRNA-seq).
- Analyser des données de scRNA-seq obtenues par technologies de séquençage long reads.
- Analyser des données de transcriptomique spatiale.
- Analyser des données portant sur les modifications des ARN (épitranscriptomique), notamment les méthylations d'ARN.
- Développer, adapter et optimiser des pipelines bioinformatiques.
- Effectuer le contrôle qualité, le traitement, l'intégration et la visualisation des données.
- Participer à l'interprétation biologique des résultats avec les chercheurs.
- Produire des figures, rapports d'analyse et contribuer à la rédaction de publications scientifiques.
- Assurer une veille scientifique et technologique dans les domaines de la transcriptomique et de la bioinformatique.
- Solides connaissances en bioinformatique et analyses transcriptomiques.
- Bonne connaissance des technologies de séquençage haut débit, notamment du scRNA-seq.
- Connaissances en transcriptomique spatiale, long reads et épitranscriptomique appréciées.
- Notions en biologie du développement et/ou génétique du développement souhaitées.
- Maîtrise des outils d'analyse de données transcriptomiques (R, Python, Linux).
- Maîtrise des logiciels et pipelines dédiés au scRNA-seq (Seurat, Scanpy ou équivalents).
- Développement et optimisation de scripts et pipelines bioinformatiques.
- Analyse statistique et visualisation des données.
- Capacité à interpréter les résultats dans leur contexte biologique.
- Rédaction de rapports techniques et scientifiques en anglais.
- Autonomie et sens de l'organisation.
- Esprit d'analyse et rigueur scientifique.
- Capacité à travailler en équipe dans un environnement multidisciplinaire.
- Bonnes qualités relationnelles.
- Curiosité scientifique et force de proposition.
- Excellentes capacités de communication.
L'équipe est située au cœur de Nice et fait partie de l'Institut de Biologie Valrose, iBV (27 équipes; 250 personnes; 25 nationalités), un centre de recherche international qui rassemble des équipes de haut niveau aux expertises complémentaires et ayant un intérêt commun à traduire la recherche fondamentale en connaissances pour la clinique. L'iBV fournit des installations de base à la pointe de la technologie, avec une atmosphère collaborative et animée dans une ville / région très agréable.
- Travail sur plusieurs projets de recherche en parallèle.
- Respect des échéances liées aux projets et aux publications.
- Manipulation de jeux de données de grande taille nécessitant des ressources de calcul intensif.
- Veille scientifique et technologique continue dans un domaine en évolution rapide.
- Collaboration quotidienne avec des biologistes, bioinformaticiens et partenaires scientifiques.
entre 2521 et 3743 euros brut en fonction de l'expérience professionnelle
44 jours
Pratique et indemnisation du TT
Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€
Référence de l’offre
UMR7277-MARCHA-017
Secteur d’activité
Sciences du vivant, de la terre et de l'environnement
Emploi type
Ingenieur biologiste en analyse de donnees (H/F)
Le CNRS est un acteur majeur de la recherche fondamentale à une échelle mondiale. Le CNRS est le seul organisme français actif dans tous les domaines scientifiques. Sa position unique de multi-spécialiste lui permet d’associer les différentes disciplines pour affronter les défis les plus importants du monde contemporain, en lien avec les acteurs du changement.
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Les métiers de la recherche
