Le Centre Interdisciplinaire de Recherches en Biologie (CIRB) est un institut de recherche créé en 2011 dans le but de rassembler et d’encourager le dialogue entre une grande variété de disciplines, toutes intéressées par une vision intégrée du monde vivant. L’UMR ne se concentre donc pas sur une seule question scientifique principale et les recherches menées par les 20 équipes qui la composent sont extrêmement riches. Trois grandes thématiques se distinguent qui constituent les trois départements de l’unité : les neurosciences, la biologie cellulaire et les sciences de l’écologie et de l’évolution. L’originalité des travaux qui s’y déroulent sont d’être interdisciplinaires et de mêler des approches au carrefour entre la biologie et plusieurs autres disciplines, notamment mathématiques, physique, anthropologie, archéologie, ou encore médecine.
L’apprentie sera rattaché-e au département Écologie & évolution et plus précisément à l’équipe Écologie et évolution de la santé. Le contexte général du travail réalisé sera celui de la santé des femmes avec un focus sur le microbiome vaginal et les données de séquençage génomique.
L’apprentie aura pour objectifs principaux d’apprendre à :
- Traiter et analyser des données omiques (métabarcoding, métagénomique, transcriptomique),
- Explorer les analyses multi-omiques afin de réaliser de l’intégration de données,
- Réaliser des pipelines et containers afin de permettre une réutilisation des approches dans une démarche F.A.I.R.,
- Restituer les résultats d’analyse en adaptant le discours aux différents publics,
- Utiliser un cluster de calcul pour le traitement des jeux de données massifs,
- Réaliser une veille bibliographique des outils et techniques omiques,
- Participer à la vie de l’équipe et du département, notamment par le biais de réunions d’équipe et de séminaires de recherche.
Pour réaliser ces missions, l’apprentie sera encadrée par l’ingénieure responsable du suivi des projets de bioinformatique du département. Elle interagira aussi avec les membres des équipes sur des projets ponctuels, en lien avec les objectifs de son stage.
Nous recherchons un-e apprenti-e en master de bio-informatique avec plusieurs compétences, notamment :
- connaissances poussées en algorithmique et programmation avec langage de bas niveau (type C) et langage de haut niveau (type R ou python),
- bonnes connaissances en science des données, deep learning et biostatistiques,
- bonnes connaissances en biologie cellulaire,
- des connaissances en biomathématiques ou biophysique seront un plus,
- appétence pour le travail collaboratif
- rigueur et sens de l’organisation
Le Centre National de la Recherche Scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation. Ses 10 instituts scientifiques couvrent tous les champs de la connaissance en biologie, physique, chimie, ingénierie, sciences humaines et sociales, mathématiques, écologie, sciences de l’information et sciences de l’univers.
Le CNRS emploie près de 32 000 personnes, dont plus de 11 000 chercheurs travaillant au sein de 1 144 laboratoires répartis sur tout le territoire national. Les 17 délégations régionales (DR) du CNRS ont un rôle de gestion et d’accompagnement de proximité de ces unités de recherche, en particulier dans le domaine des Ressources Humaines.
Pour toute information complémentaire, il est possible de consulter le site Internet du CNRS : http://www.cnrs.fr/
Les projets sur lesquels interviendra l’apprenti-e pourront impliquer l’analyse de données humaines sensibles. L’apprenti-e s’engagera à respecter les règles strictes de confidentialité et de protection des données en vigueur au CNRS, conformément aux exigences éthiques et réglementaires.
44 jours
Pratique et indemnisation du TT
Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€
Référence de l’offre
UMR7241-SAMALI-004
Secteur d’activité
Sciences du vivant, de la terre et de l'environnement
Langues
Excellent maîtrise de l’anglais technique (niveau B2 ou plus)
Le CNRS est un acteur majeur de la recherche fondamentale à une échelle mondiale. Le CNRS est le seul organisme français actif dans tous les domaines scientifiques. Sa position unique de multi-spécialiste lui permet d’associer les différentes disciplines pour affronter les défis les plus importants du monde contemporain, en lien avec les acteurs du changement.
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